Sceptycyzm bywa często traktowany jako tożsamy z wieloma innymi ruchami, dzielącymi niektóre z jego założeń. Takie nieporozumienia mogą być bardzo szkodliwe, dlatego rolą tego artykułu jest próba sprecyzowania różnic między takimi podejściami. Zdecydowanie nie wyczerpuje on tematu, są w nim też liczne uproszczenia, pozwala jednak na zrozumienie „z czym to się je”.
Tak więc, po kolei:
Sceptycyzm naukowy (podejscie, jakie promuje ta strona) opiera się na założeniu, że w chwili obecnej najskuteczniejszym narzędziem pozwalającym na dojście do prawdy o tym, jak naprawdę działa świat, jest metoda naukowa. Nie jest to metoda idealna, ma swoje ograniczenia i sceptyk powinien być ich świadomy. Jednocześnie przez całą historię naszego gatunku nie udało nam się stworzyć niczego, co dawałoby efekty nawet zbliżone do efektów metody naukowej.
Sceptycyzm naukowy nie wyklucza poglądów metafizycznych (np. n.t. istnienia duszy czy jakiejś wyższej istoty). Wiara w byty metafizyczne jest indywidualną decyzja każdej osoby. Natomiast podejście sceptyczne stawia wyraźną kreskę na próbach postulowania – bez zaprezentowania wystarczających dowodów – wpływu bytów metafizycznych na świat materialny. Innymi słowy, sceptycyzm naukowy nie wypowiada się n.t. tego, czy istnieje dusza, życie pośmiertne albo Bóg, ale wyraźnie stwierdza, że jeśli istnieją, to nie wpływają na świat w którym żyjemy, przynajmniej w świetle dotychczas zgromadzonych dowodów.
Tam, gdzie nie ma jeszcze badań pozwalających na pewne wnioskowanie w danym temacie, sceptycyzm naukowy sugeruje opieranie się na tzw. wstępnym prawdopodobieństwie, czyli racjonalnym wnioskowaniu n.t. prawdopodobieństwa danego zjawiska w świetle tych faktów n.t. świata, które są już poznane.
Sceptycyzm naukowy nie zajmuje głosu w sprawach społecznych czy moralnych (choć oczywiście indywidualni przedstawiciele sceptycyzmu będą mieli swoje poglądy w tych kwestiach), za wyjatkiem tych spraw, w których badania pozwalają na wyciagnięcie konkretnych wniosków.
Racjonalizm – filozofia polegająca na opieraniu swojej wiedzy o świecie wyłącznie na tym, do czego można dojść przez racjonalne wnioskowanie oraz w oparciu o uzyskaną wiedzę o świecie. Co istotne – racjonalizm nie jest tożsamy ze sceptycyzmem i vice versa, choć często występują blisko siebie. Sceptycyzm naukowy kładzie większy nacisk na rolę metody naukowej, wskazując na jej podstawową rolę. Racjonalizm jako podstawę poznania stawia rozum, metodę naukową stawiając na drugim miejscu.
Racjonalizm również nie odrzuca metafizyki, akceptuje te jej elementy, które można uzasadnić na podstawie logicznego myślenia.
Ateizm – filozofia opierająca się o założenie, że nie istnieje żadna siła wyższa, bogowie z dowolnego panteonu, Bóg w rozumieniu judeochrześcijańskim czy muzułmańskim, itp. Choć ateiści mogą demonstrować postawy sceptyczne, zwłaszcza w kwestii religii, ateizm nie jest bynajmniej tożsamy ze sceptycyzmem naukowym, choćby dlatego, że ateiści wypowiadają się n.t. zjawisk metafizycznych nie wpływających na świat materialny, a wiec obszaru, którego sceptycyzm naukowy z definicji nie może dotyczyć.
Antyklerykalizm – w odróżnieniu od powyższych, bardziej ruch społeczny niż filozofia. Antyklerykalizm to ruch osób wyrażających sprzeciw przeciwko organizacjom religijnym (ze szczególnym uwzględnieniem dużych, utrwalonych religii) oraz ich przywilejom poza miejscem kultu. Osoba antyklerykalna może być głęboko wierząca, odrzuca jednak hierarchię duchowną w swojej religii. Antyklerykalizm bywa czasem mylony ze sceptycyzmem, w praktyce jednak te podejścia nie mają ze sobą praktycznie żadnych punktów wspólnych – ani się nie wspierają, ani nie podważają, po prostu funkcjonują oddzielnie od siebie.